新智元報道

五年前的2021年，當DeepMind創始人Demis Hassabis宣佈成立全新的AI製藥公司Isomorphic Labs時，整個醫藥界充滿了好奇與懷疑：「AI真的能做藥嗎？」

今天，五年之期已到。

Isomorphic Labs總裁Max Jaderberg親自執筆，交出了五年成績單：AI不僅解鎖了多種疾病類別的全新療法，更是徹底墊付藥物發現。

過去，傳統藥企要完成10的60次方化學空間搜索，需要耗費數年，現在，AI直接在幾天內完成了。

經過嚴苛的溼實驗驗證，這些由AI「憑空捏造」的全新分子不僅成藥性極佳，更發現了全新生物機制、打開了未知靶點口袋，即將大步邁向臨床試驗。

Isomorphic Labs向全人類宣告：一場徹底顛覆傳統制藥法則的工業革命，已經正式爆發。

降維打擊：用幾天時間，打穿10的60次方「化學宇宙」

要理解Isomorphic Labs這次交出的答卷有多麼恐怖，我們必須先了解傳統藥物研發面臨着怎樣令人絕望的「天文級壁壘」。

在藥物理論化學空間中，可能成為小分子藥物的化合物數量大約是 10的60次方（10^60）。我們整個太陽系的原子總數加起來，也不過才10的57次方。

可以說，尋找一個完美的新藥分子，比在整個宇宙中尋找一顆特定的沙子還要困難。

面對這樣浩瀚的「化學宇宙」，傳統製藥業是怎麼做的？

答案是：高通量篩選（HTS）。

藥企會花費數月甚至數年的時間，用龐大的機器流水線去測試包含10萬到10億（10^5-10^9）個固定化合物的分子庫。

然而，這10億個分子放在10的60次方面前，連太平洋裏的一滴水都算不上。

即便耗費了無數人力物力找到了幾個「苗頭化合物（Hit）」，後續還要經歷漫長且痛苦的多年迭代優化，去平衡分子的毒性、溶解度、透膜性……

這就是為什麼一款新藥往往需要10年時間、耗資數十億美金，且失敗率高達90%以上的原因。

但在Isomorphic Labs的魔法下，「數年」被極致壓縮成了「幾天」。

Max Jaderberg在驕傲地展示了他們的祕密武器——IsoDDE（Isomorphic Labs藥物設計引擎）。

在面對同樣甚至更難的靶點時，IsoDDE完全拋棄了傳統的笨辦法。

它不需要在現實中去盲目篩選那可憐的10億個庫存，而是直接在計算機的超級大腦裏，對這無邊無際的10^60化學空間進行「智能搜索」。

僅僅需要幾天時間，IsoDDE就能自主完成批量的分子生成與迭代進化，設計出不僅能結合靶點，而且各項理化性質已經準備好迎接現實世界考驗的「完美分子」。

傳統研發中那條被視為天塹的漫長死谷，被AI用算力直接填平。

拆解Target D：一張圖看懂AI如何碾壓人類專家

為了讓大衆直觀感受到AI的恐怖實力，Jaderberg在文章中特別放出了針對「Target D」（靶點D）的優化對比圖。

在這個案例中，藥物設計師只需向AI輸入一份「需求說明書」——比如我要打哪個靶點、要什麼樣的調節模式、選擇性要多高、溶解度和細胞透膜性要達到什麼標準。

剩下的，全部交給AI設計智能體（Design Agent）。

在短短2到4天的時間裏，AI智能體像一個不知疲倦的超級探險家，開始在化學空間中瘋狂探索。

如果我們在可視化熱圖上觀察這個過程，會看到極其震撼的一幕：

傳統的分子庫篩選，僅僅只能覆蓋熱圖上微不足道的「一小團」區域；而IsoDDE的設計智能體，則如同鋪開了一張巨大的雷達網，直接覆蓋了整片最具潛力的高可欲性（Desirability）區域。

更令人拍案叫絕的是，AI懂得動態平衡。

在早期探索階段，它的注意力非常發散，廣泛試探各種前所未見的化學骨架；一旦鎖定高潛力區域，它立刻收攏注意力，開始進行深度的定向開發（Exploit）。

在此過程中，AI精確地把控着藥物設計的聖盃——「帕累托最優（Pareto Frontier）」。

做藥的人都知道，分子的屬性往往是互斥的。

比如藥效越強，往往毒性越大；溶解度越好，可能透膜性就越差。

傳統藥劑師在這個蹺蹺板上痛苦地調整數年，而AI則在幾天內直接推到了多目標的帕累託邊界之上，找出了那些將藥效與生物利用度完美平衡的「極品分子」。

當研究人員把AI生成的分子與人類專家耗費3到5年時間從文獻中辛苦推導出的參考分子放在一起進行對比時，結果是碾壓性的。功能濃度響應曲線證明：AI設計的分子在各個維度上都表現得極其優異，直接成為了後續開發的完美起點。

告別「神農嘗百草」：讓製藥從經驗走向「精密工程」

這次五周年發文，Jaderberg提出了一個極具顛覆性的核心理念：我們正在從「經驗醫學」時代，全面跨入「精美工程化分子（Exquisitely engineered molecules）」時代。

在過去的一百多年裏，人類製藥本質上仍然沒有擺脫「神農嘗百草」的經驗主義模式。不管是意外發現的青黴素，還是通過海量盲篩找出的靶向藥，其中都充滿了大量的「運氣」成分。

我們只是在自然界或者已有的化學庫裏「碰巧」遇到了某個能治病的分子，然後試圖去修補它的缺陷。

但在Jaderberg眼中，未來的製藥不應該靠運氣，而應該像造飛機、造芯片一樣的「系統工程」。

在字典裏，Isomorphic對「Exquisitely engineered molecule」下了一個極其霸氣的定義：一種從零開始、利用先進AI以極高精度設計的化合物，能夠按照既定規格調節生物靶點，且毒性降至最低。

為了實現這種降維打擊式的工程化能力，Isomorphic Labs建立了一家高度垂直整合的超級企業。

在這個屋檐下，全球最頂級的AI研究員、生物學家、化學家和臨床醫生坐在一起。他們不僅開發模型，更自己生成數據、發現新生物學，還要親自把這些潛在藥物送進診所。

2024年，AlphaFold 2因為解決了蛋白質結構預測的世紀難題而榮獲諾貝爾化學獎。

作為AlphaFold的嫡系部隊，Isomorphic Labs在過去五年裏，將這一革命性成果無限放大。

他們打造的IsoDDE不僅僅是一個結構預測工具，而是一個集成了「世界模型（World Models）」和「前沿推理模型（Frontier Reasoning Models）」的終極引擎。

這個引擎能夠深刻理解物理與生物環境，具備強大的零樣本推理能力，能同時解決複雜的結構、結合、分子屬性和毒性問題。

用AI生成數據、訓練模型、鋪設基礎設施，最後批量化地產出新藥——Isomorphic正在將製藥變成一條可計算、可預期、可複製的精密流水線。

更讓人震撼的是，AI不僅是在現有知識框架內打轉，它展現出了驚人的「原創力」。

Isomorphic Labs官方透露，通過IsoDDE，他們已經：

發現了全新的生物學機制；

設計出了能夠打開「此前完全未知的蛋白質口袋」的全新分子；

在真實的溼實驗中，成功驗證了這些分子獨特的生物學功能。

這意味着，AI已經超越了「人類教它怎麼做藥」的階段，開始反向指導人類：「你看，這個蛋白質的這個隱藏角落是可以成藥的，而且我連鑰匙（分子）都給你造好了。」

這些經過真實生物實驗硬核驗證的分子，其展現出的卓越臨床前數據，正在推動Isomorphic Labs以全軍出擊的姿態，準備向最終的戰場——臨床試驗（Clinical developments）發起衝鋒！

結語：新紀元的大門已經轟然洞開

回顧科技史，無論是航空航天、汽車製造還是建築設計，幾乎每一個工程領域都在過去50年中被計算機輔助設計（CAD）徹底顛覆。

而在今天，這把顛覆之火終於燒到了人類最複雜、最神聖的領域：生命與健康。

Isomorphic Labs交出的這份答卷，它屬於全人類。

當10的60次方的龐大化學宇宙被AI在幾天內從容丈量，當藥物研發從碰運氣的「魔法」變成精確、可重複的「工程」，一個沒有不治之症的未來，似乎第一次變得觸手可及。

AI製藥的「iPhone時刻」已經到來。五年只是一個開始，未來的醫藥革命，將比我們想象的更加瘋狂、更加偉大。